民国时期派系林立，北洋时期在袁世凯去世后便出现了以曹锟、冯国璋为首的直系、以段祺瑞为首的皖系、以张作霖为首的奉系……等等众多中央派系和地方实力派。南京国民政府通过早先的北伐以及部分地方实力派通电易帜之后，表面上实现了全国的统一。但是，地方实力派依然事实存在、其实力甚至比北洋时期更加强大，“新军阀”逐渐占据了历史舞台，张学良的东北军、冯玉祥的西北军、阎锡山的晋（绥）军、李宗仁和白崇禧的桂军、刘文辉和刘湘叔侄为首的川军以及甘青诸马……等等等等。
以上所说的还仅仅是地方实力派，由于政见分歧、地域差异、利益需要，国民党中央及中央军也分为了若干派系，也就是提问者所提到的什么黄埔、CC、土木等等。实际上，远不止这些，诸如西山会议派、新政学系……等等，后来随着“蒋太子”的崛起，出身青年军者也自成一派，形成了所谓“太子党”，下面我们就来具体说一说。
黄埔系想必不用多说，蒋某人起家的资本就是国民党内的黄埔系力量。作为黄埔军校校长的蒋某人与黄埔系将领有着师生之谊，不少影视作品中“校长”的称呼便源于此。而黄埔系将领也成了蒋某人耐以生存的政治资本，自然也是深受器重，时人称之为“黄马褂”。
CC原指中央俱乐部，也有说为陈氏兄弟威妥玛拼音的第一个字母。其领军人物便是陈果夫、陈立夫兄弟。这二位是蒋某人的“革命引路人”陈其美的亲侄子，陈其美不仅是蒋某人的盟兄，而且还是蒋某人的伯乐和“革命引路人”，蒋某人年轻时甚至甘冒生命危险为陈其美充当刺客，行刺会党领袖陶成章。因为陈其美的关系，二陈一直称蒋某人为“世叔”，关系非同一般。出于对陈其美的感恩和投桃报李，蒋某人对二陈也是大加重用，使得二陈在国民党党务系统占据了重要地位，甚至有了“蒋家天下陈家党”的说法。而所谓CC系便是对二陈势力的一个称呼。最鼎盛时期的CC系几乎遍及国民党全国各级党务系统、教育系统，包括特务组织“中统”。
土木系虽然自成一派，实际上还是源自广义的黄埔系，其灵魂人物是号称“小委员长”的陈诚。因此，土木系虽然也属于一个派系，但却依然是蒋某人的嫡系，这一点和CC有些类似。之所以名为土木，与土木工程专业无关，其渊源源自陈诚主导的国军第十一师和第十八军。十一组合起来是个“土”字，十八组合起来是个“木”字，因此便有了土木系的说法。后来国军的空军司令周至柔、被我军俘虏的“儒将”黄维都属于土木系将领。甚至连著名的“共谍”郭汝瑰将军，也曾经被国民党内部划入了土木系将领范畴之中。
西山会议派是国民党相对早期的一个派系，主要人物有国民党元老居正、林森等人，其与蒋、汪等人并没有本质分歧，仅仅是操作层面的矛盾。主要分歧在于反对联俄、联共，随着蒋、汪反共立场的暴露，西山会议派已然失去了存在的意义，最终与蒋某人的南京国民政府合流。后来居正还出任了南京国民政府的司法院院长，而林森更是受到了蒋某人的“垂青”，出任了中华民国的名义“国家元首”——国民政府主席一职！
政学系原本是北洋时期国会的一个政治派系，在段祺瑞解散国会之后，很多政学系议员选择了南下广州、进入了非常国会，拥戴孙先生出任非常大总统。后来，政学系被地方实力派拉拢，成为了非常国会中的反对派和主张与北洋政府和谈的一个派系。再后来，随着非常国会的解散，政学系退出了历史舞台。第一次国内革命时期，原政学系的一部分中层力量进入了高层， 逐步形成了一个新的派系，即所谓新政学系，其主要成员有蒋某人的盟兄弟张群、黄郛和熊式辉、杨永泰、吴铁城等人。但是，新政学系和老政学系不同，其总体上是站在蒋某人一边的，尤其是张群，他和蒋某人还是同窗好友，关系非同一般。后来，随着杨永泰被CC系暗杀以及抗战的爆发，黄埔系和CC系大受重用，新政学系势力逐渐退出了历史舞台。
最后说一说“太子党”。抗战后期，蒋某人为了培养新生代力量、与中共争夺青年资源，同时也为了给“蒋太子”崭露头角的机会，鼓励知识青年从军，成立了青年军，很短时期内便扩编了九个师。“蒋太子”主要负责青年军的思想政治工作，事实上控制了青年军。而青年军的中上层骨干后来也都成为了所谓“太子党”的重要成员，陈毅元帅诗中“埋了”的那位戴之奇便是其中之一。靠着青年军时期的老底，“蒋太子”的手也越伸越长、伸入了国民党党政军的各个角落，最后在台湾顺利接班。
除了“蒋太子党”之外，国民政府在大陆期间实际上还存在另一个“太子党”派系，其领军人物便是孙先生的大公子孙科。因为孙先生大公子的身份非常特殊，孙科在国民党内的地位也颇为特殊。蒋某人要防他、却又不得不用他！孙科最终也形成了自己的一派势力，虽然因为蒋某人的刻意限制，孙科的势力一直没有做大，但因为其特殊的身份，在国民党内还是有一定影响力的。四十年代末，随着国民党在大陆的节节败退，孙科经香港、法国作短暂停留后远渡重洋前往美国，“孙太子党”势力也随之土崩瓦解。
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